龙芯笔记本
龙芯多核心CPU可以加入x86cpu的核心，实现linux系统与windows系统切换吗？
jiangtao9999 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 106 次浏览 • 2018-07-11 10:55
收购龙芯电脑，笔记本或者一体机。
DaDou13 回复了问题 • 4 人关注 • 3 个回复 • 615 次浏览 • 2018-05-02 10:32
龙芯2F的8089D笔记本电脑系统太老了，内置的互联网浏览器无法打开太多的网站，另外我想把原来内置的python从2.X升级到3.X，请问该如何操作？
特战队员 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 243 次浏览 • 2018-03-13 10:57
建议龙芯笔记本电脑建立全新的软硬件升级模式
start0878 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 262 次浏览 • 2018-02-27 11:48
请问我在哪里能下载到龙芯服务器历史版本？
paul_lmc 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 215 次浏览 • 2018-01-02 16:48
龙芯生物信息学软件应用测试
zd200572 发表了文章 • 6 个评论 • 325 次浏览 • 2017-10-20 13:20
1.平台情况
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。
开心地看到了正确的质控结果图片！
3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.04.gatk
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用，R,perl也是如此。综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。 查看全部
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。
开心地看到了正确的质控结果图片！
3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.04.gatk
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用，R,perl也是如此。综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。 查看全部
1.平台情况
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
开心地看到了正确的质控结果图片！
3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！
#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。
开心地看到了正确的质控结果图片！3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar4.gatk
#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用，R,perl也是如此。
龙芯小本 服务器快4年了，欢迎来做客
zzz19760225 回复了问题 • 3 人关注 • 3 个回复 • 407 次浏览 • 2017-10-11 10:12
龙芯一体机想安装软件要怎么做？
zzz19760225 回复了问题 • 5 人关注 • 5 个回复 • 456 次浏览 • 2017-09-18 18:37
买了台龙芯一体机，庆祝一下
STM64 发表了文章 • 3 个评论 • 318 次浏览 • 2017-09-15 16:30
支持中国龙芯，买台玩玩，要是有人能教我怎么用这系统就好了，本来想用龙芯机子发帖的，然而不知道wifi网卡驱动如何安装，以及相关软件如何安装，目前暂时用windows系统的机子发帖，希望一个月后能熟练龙芯系统，用龙芯的机子发帖以及办公。
支持中国龙芯，买台玩玩，要是有人能教我怎么用这系统就好了，本来想用龙芯机子发帖的，然而不知道wifi网卡驱动如何安装，以及相关软件如何安装，目前暂时用windows系统的机子发帖，希望一个月后能熟练龙芯系统，用龙芯的机子发帖以及办公。
3A3000笔记本cpu主频的问题
loongnix 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 569 次浏览 • 2017-03-27 17:14
条新动态, 点击查看
芯3A3000笔记本自带一个摄像头，在屏幕下方。
使用方法：
[list]
打开硬件开关！
在键盘右边的下侧面，有一个眼睛图标的小开关，必须打开它，才能使用摄像头！
一般人我不告诉他
安装摄像头软件
[/list]
# yum install c... 显示全部 »
使用方法：
[list]
打开硬件开关！
在键盘右边的下侧面，有一个眼睛图标的小开关，必须打开它，才能使用摄像头！
一般人我不告诉他
安装摄像头软件
[/list]
# yum install c... 显示全部 »
芯3A3000笔记本自带一个摄像头，在屏幕下方。
使用方法：
[list]
打开硬件开关！
在键盘右边的下侧面，有一个眼睛图标的小开关，必须打开它，才能使用摄像头！
一般人我不告诉他
安装摄像头软件
[/list]
# yum install cheese 这个软件叫“茄子”，具有拍照片、录视频的功能。
还有各种奇趣特效，
138
是不是很牛！
使用方法：
[list]
打开硬件开关！
在键盘右边的下侧面，有一个眼睛图标的小开关，必须打开它，才能使用摄像头！
一般人我不告诉他
安装摄像头软件
[/list]
# yum install cheese 这个软件叫“茄子”，具有拍照片、录视频的功能。
还有各种奇趣特效，
138
是不是很牛！
龙芯3A3000笔记本怎样使用摄像头？
fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 627 次浏览 • 2017-01-25 11:30
龙芯多核心CPU可以加入x86cpu的核心，实现linux系统与windows系统切换吗？
回复jiangtao9999 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 106 次浏览 • 2018-07-11 10:55
龙芯2F的8089D笔记本电脑系统太老了，内置的互联网浏览器无法打开太多的网站，另外我想把原来内置的python从2.X升级到3.X，请问该如何操作？
回复特战队员 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 243 次浏览 • 2018-03-13 10:57
龙芯生物信息学软件应用测试
zd200572 发表了文章 • 6 个评论 • 325 次浏览 • 2017-10-20 13:20
1.平台情况
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。
开心地看到了正确的质控结果图片！
3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.04.gatk
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用，R,perl也是如此。综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。 查看全部
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。
开心地看到了正确的质控结果图片！
3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.04.gatk
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用，R,perl也是如此。综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。 查看全部
1.平台情况
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
开心地看到了正确的质控结果图片！
3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！
#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g 内存由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。
开心地看到了正确的质控结果图片！3.picard
也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar4.gatk
#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用，R,perl也是如此。
买了台龙芯一体机，庆祝一下
STM64 发表了文章 • 3 个评论 • 318 次浏览 • 2017-09-15 16:30
支持中国龙芯，买台玩玩，要是有人能教我怎么用这系统就好了，本来想用龙芯机子发帖的，然而不知道wifi网卡驱动如何安装，以及相关软件如何安装，目前暂时用windows系统的机子发帖，希望一个月后能熟练龙芯系统，用龙芯的机子发帖以及办公。
支持中国龙芯，买台玩玩，要是有人能教我怎么用这系统就好了，本来想用龙芯机子发帖的，然而不知道wifi网卡驱动如何安装，以及相关软件如何安装，目前暂时用windows系统的机子发帖，希望一个月后能熟练龙芯系统，用龙芯的机子发帖以及办公。