龙芯笔记本

龙芯笔记本

请问我在哪里能下载到龙芯服务器历史版本?

paul_lmc 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 102 次浏览 • 2018-01-02 16:48 • 来自相关话题

龙芯生物信息学软件应用测试

zd200572 发表了文章 • 6 个评论 • 219 次浏览 • 2017-10-20 13:20 • 来自相关话题

1.平台情况

我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g 内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached

Mem: 1007 932 75 0 185 613

-/+ buffers/cache: 133 874

Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试

当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。

首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。
开心地看到了正确的质控结果图片!

3.picard

也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.04.gatk

也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。

5.bwa-samtools

只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。

6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。 查看全部
1.平台情况

我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!
#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g	内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached

Mem: 1007 932 75 0 185 613

-/+ buffers/cache: 133 874

Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试

当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。

首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。
开心地看到了正确的质控结果图片!

3.picard

也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
4.gatk

也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。

5.bwa-samtools

只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。

6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。
综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。

收购龙芯电脑,笔记本或者一体机。

linkasm 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 364 次浏览 • 2017-10-18 15:08 • 来自相关话题

龙芯小本 服务器快4年了,欢迎来做客

zzz19760225 回复了问题 • 3 人关注 • 3 个回复 • 221 次浏览 • 2017-10-11 10:12 • 来自相关话题

龙芯一体机想安装软件要怎么做?

zzz19760225 回复了问题 • 5 人关注 • 5 个回复 • 294 次浏览 • 2017-09-18 18:37 • 来自相关话题

买了台龙芯一体机,庆祝一下

STM64 发表了文章 • 3 个评论 • 227 次浏览 • 2017-09-15 16:30 • 来自相关话题

支持中国龙芯,买台玩玩,要是有人能教我怎么用这系统就好了,本来想用龙芯机子发帖的,然而不知道wifi网卡驱动如何安装,以及相关软件如何安装,目前暂时用windows系统的机子发帖,希望一个月后能熟练龙芯系统,用龙芯的机子发帖以及办公。
支持中国龙芯,买台玩玩,要是有人能教我怎么用这系统就好了,本来想用龙芯机子发帖的,然而不知道wifi网卡驱动如何安装,以及相关软件如何安装,目前暂时用windows系统的机子发帖,希望一个月后能熟练龙芯系统,用龙芯的机子发帖以及办公。

3A3000笔记本cpu主频的问题

loongnix 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 441 次浏览 • 2017-03-27 17:14 • 来自相关话题

龙芯梦兰3A2000 mini-itx主板(LX-6102)能用什么散热器

年年有余 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 210 次浏览 • 2017-02-16 18:34 • 来自相关话题

深度商店不能安装啊,是不是服务器关了?

fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 350 次浏览 • 2017-01-25 15:28 • 来自相关话题

龙芯3A3000笔记本怎样使用摄像头?

fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 499 次浏览 • 2017-01-25 11:30 • 来自相关话题

条新动态, 点击查看
loongnix

loongnix 回答了问题 • 2017-01-24 09:14 • 3 个回复 不感兴趣

龙芯3A3000笔记本怎样使用摄像头?

赞同来自:

芯3A3000笔记本自带一个摄像头,在屏幕下方。
使用方法:
[list]
打开硬件开关!
在键盘右边的下侧面,有一个眼睛图标的小开关,必须打开它,才能使用摄像头!
一般人我不告诉他
安装摄像头软件
[/list]
# yum install c... 显示全部 »
芯3A3000笔记本自带一个摄像头,在屏幕下方。
使用方法:
[list]
打开硬件开关!
在键盘右边的下侧面,有一个眼睛图标的小开关,必须打开它,才能使用摄像头!
一般人我不告诉他
安装摄像头软件
[/list]
# yum install cheese 这个软件叫“茄子”,具有拍照片、录视频的功能。

还有各种奇趣特效,
138

是不是很牛!

龙芯3A3000笔记本怎样使用摄像头?

fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 499 次浏览 • 2017-01-25 11:30 • 来自相关话题

请问我在哪里能下载到龙芯服务器历史版本?

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paul_lmc 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 102 次浏览 • 2018-01-02 16:48 • 来自相关话题

收购龙芯电脑,笔记本或者一体机。

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linkasm 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 364 次浏览 • 2017-10-18 15:08 • 来自相关话题

龙芯小本 服务器快4年了,欢迎来做客

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zzz19760225 回复了问题 • 3 人关注 • 3 个回复 • 221 次浏览 • 2017-10-11 10:12 • 来自相关话题

龙芯一体机想安装软件要怎么做?

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zzz19760225 回复了问题 • 5 人关注 • 5 个回复 • 294 次浏览 • 2017-09-18 18:37 • 来自相关话题

3A3000笔记本cpu主频的问题

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loongnix 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 441 次浏览 • 2017-03-27 17:14 • 来自相关话题

龙芯梦兰3A2000 mini-itx主板(LX-6102)能用什么散热器

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年年有余 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 210 次浏览 • 2017-02-16 18:34 • 来自相关话题

深度商店不能安装啊,是不是服务器关了?

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fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 350 次浏览 • 2017-01-25 15:28 • 来自相关话题

龙芯3A3000笔记本怎样使用摄像头?

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fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 499 次浏览 • 2017-01-25 11:30 • 来自相关话题

我是一个开发者,从哪里可以买到龙芯3A3000笔记本?

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fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 579 次浏览 • 2017-01-25 11:27 • 来自相关话题

龙芯Fedora21有WPS吗?

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loongnix 回复了问题 • 1 人关注 • 1 个回复 • 275 次浏览 • 2017-01-23 17:56 • 来自相关话题

龙芯生物信息学软件应用测试

zd200572 发表了文章 • 6 个评论 • 219 次浏览 • 2017-10-20 13:20 • 来自相关话题

1.平台情况

我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g 内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached

Mem: 1007 932 75 0 185 613

-/+ buffers/cache: 133 874

Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试

当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。

首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。
开心地看到了正确的质控结果图片!

3.picard

也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.04.gatk

也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。

5.bwa-samtools

只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。

6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。 查看全部
1.平台情况

我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!
#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g	内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached

Mem: 1007 932 75 0 185 613

-/+ buffers/cache: 133 874

Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试

当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。

首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。
开心地看到了正确的质控结果图片!

3.picard

也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstit ... d.jar
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
4.gatk

也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。

5.bwa-samtools

只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。

6.python
wget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。
综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。

买了台龙芯一体机,庆祝一下

STM64 发表了文章 • 3 个评论 • 227 次浏览 • 2017-09-15 16:30 • 来自相关话题

支持中国龙芯,买台玩玩,要是有人能教我怎么用这系统就好了,本来想用龙芯机子发帖的,然而不知道wifi网卡驱动如何安装,以及相关软件如何安装,目前暂时用windows系统的机子发帖,希望一个月后能熟练龙芯系统,用龙芯的机子发帖以及办公。
支持中国龙芯,买台玩玩,要是有人能教我怎么用这系统就好了,本来想用龙芯机子发帖的,然而不知道wifi网卡驱动如何安装,以及相关软件如何安装,目前暂时用windows系统的机子发帖,希望一个月后能熟练龙芯系统,用龙芯的机子发帖以及办公。