
龙芯笔记本
龙芯既然出了《龙芯应用开发标准教程》何不再出一本类似《intel 微控制器》的书?
jiangtao9999 回复了问题 • 5 人关注 • 4 个回复 • 1880 次浏览 • 2019-02-17 15:55
龙芯电脑推广民用难以一蹴而就,应向苹果学习支持windows双系统
liyongA06 发表了文章 • 5 个评论 • 886 次浏览 • 2018-12-03 09:06
龙芯多核心CPU可以加入x86cpu的核心,实现linux系统与windows系统切换吗?
jiangtao9999 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 623 次浏览 • 2018-07-11 10:55
龙芯2F的8089D笔记本电脑系统太老了,内置的互联网浏览器无法打开太多的网站,另外我想把原来内置的python从2.X升级到3.X,请问该如何操作?
特战队员 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 720 次浏览 • 2018-03-13 10:57
建议龙芯笔记本电脑建立全新的软硬件升级模式
start0878 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 1242 次浏览 • 2018-02-27 11:48
请问我在哪里能下载到龙芯服务器历史版本?
paul_lmc 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 624 次浏览 • 2018-01-02 16:48
龙芯生物信息学软件应用测试
zd200572 发表了文章 • 6 个评论 • 874 次浏览 • 2017-10-20 13:20
我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!
#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g 内存由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolchain/java/openjdk6/jdk6-mips32-rc30.tar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。

3.picard
也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.13.2/picard.jar4.gatk
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.3/Python-3.6.3.tgz综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。
龙芯小本 服务器快4年了,欢迎来做客
zzz19760225 回复了问题 • 3 人关注 • 3 个回复 • 1054 次浏览 • 2017-10-11 10:12
使用方法:
[list]
[/list]
这个软件叫“茄子”,具有拍照片、录视频的功能。
还有各种奇趣特效,
是不是很牛!
龙芯3A3000笔记本怎样使用摄像头?
fubaojun2006 回复了问题 • 2 人关注 • 3 个回复 • 1114 次浏览 • 2017-01-25 11:30
龙芯既然出了《龙芯应用开发标准教程》何不再出一本类似《intel 微控制器》的书?
回复jiangtao9999 回复了问题 • 5 人关注 • 4 个回复 • 1880 次浏览 • 2019-02-17 15:55
龙芯多核心CPU可以加入x86cpu的核心,实现linux系统与windows系统切换吗?
回复jiangtao9999 回复了问题 • 2 人关注 • 1 个回复 • 623 次浏览 • 2018-07-11 10:55
龙芯2F的8089D笔记本电脑系统太老了,内置的互联网浏览器无法打开太多的网站,另外我想把原来内置的python从2.X升级到3.X,请问该如何操作?
回复特战队员 回复了问题 • 2 人关注 • 2 个回复 • 720 次浏览 • 2018-03-13 10:57
龙芯电脑推广民用难以一蹴而就,应向苹果学习支持windows双系统
liyongA06 发表了文章 • 5 个评论 • 886 次浏览 • 2018-12-03 09:06
龙芯生物信息学软件应用测试
zd200572 发表了文章 • 6 个评论 • 874 次浏览 • 2017-10-20 13:20
我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!
#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g 内存由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached
Mem: 1007 932 75 0 185 613
-/+ buffers/cache: 133 874
Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
2.FASTQC测试
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。
首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolchain/java/openjdk6/jdk6-mips32-rc30.tar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。

3.picard
也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.13.2/picard.jar4.gatk
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。
5.bwa-samtools
只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。
6.python
wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.3/Python-3.6.3.tgz综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。
买了台龙芯一体机,庆祝一下
STM64 发表了文章 • 3 个评论 • 595 次浏览 • 2017-09-15 16:30