龙芯生物信息学软件应用测试

1.平台情况

我是一个龙芯迷,最近在学生物信息,总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验,新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器,可以用来测试软件,刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下,在此对这个哥们表示衷心地感谢!
#由图中可以看出,这台龙芯笔记本是8.9寸的小本,1g	内存
Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux
total used free shared buffers cached

Mem: 1007 932 75 0 185 613

-/+ buffers/cache: 133 874

Swap: 391 0 391
system type : lemote-yeeloong-2f-8.9inches
processor : 0
cpu model : ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1
BogoMIPS : 528.38
wait instruction : yes
microsecond timers : yes
tlb_entries : 64
由于十年前的产品,性能就不提了,至少是我们国家的自主产品。
2.FASTQC测试

当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。

首先,fastqc是基于java的,所以,先安装java,好在龙芯已经移植了,很简单,下载,解压就行。
#java下载安装
wget http://ftp.loongnix.org/toolchain/java/openjdk6/jdk6-mips32-rc30.tar.gz
tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz
#由于这台机器的环境变量搞不定,就直接路径运行了。
~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version
java version "1.6.0-internal"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)
OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)
#fastqc下载解压
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip #最新版本竟然ok
unzip fastqc_v0.11.5.zip
./fastqc
-bash: ./fastqc: 权限不够
chmod 777 fastqc
./fastqc
Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了,搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况,有点小问题,不管了,至少还能用。看了一下结果,ok的,正常。
开心地看到了正确的质控结果图片!

3.picard

也是基于java的,试了一下,没有运行成功,龙芯3a应该是可以的,用jdk8发现运行不起来,这个测试不通过。
wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.13.2/picard.jar
#提示java太老了,需要更新,由于只是测试,好像jdk8
Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0
4.gatk

也是基于java的,也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。

5.bwa-samtools

只提供x86版本二进制文件,所以难以搞定。

6.python
wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.3/Python-3.6.3.tgz
tar zxvf Python-3.6.3.tgz
./configure
make #可以正常使用,R,perl也是如此。
综上,用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的,因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件,java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。

6 个评论

下期可以考虑开发者购机,毕竟2f太古老了 [/微笑]
楼主能否提供一下龙芯小本挂掉的细节或自我估计情况?
不经常来哈,刚看到,挂前的最后一次,机器运行了一会后像没电一样先屏幕出许多线,很快白屏,然后就不能开机了,通电几秒后自动断电。
之前机器有的毛病是冬天开机困难,要开几分钟,重启好几次才行。开机时开始是黄灯一闪一闪,后来是只能用电池开机,插电源会白屏重启,稳定后才能用电源适配器。
可能跟主板电池有联系吗,
估计也该差不多了,
哪天电脑用个可能50年或100年的电子元器件,那所有人就越用越溜了。

或者放些天,什么时候又能跑了,
或者用压缩机吹一下尘。
谢谢回答。
主板电池好久就没电了,吹风机还没试过,改天试下

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